projet : NUMATH - numath

<body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000" link="#9944EE" vlink= "#0000FF" alink="#00FF00"> <h2><a name="SECTION00044000000000000000" id= "SECTION00044000000000000000">Chimie moléculaire</a></h2>  <a name="NUMATH_domaine_chimie" id= "NUMATH_domaine_chimie"></a> <p><strong>Mots clés :</strong> <i>santé, simulation biologique, dynamique, couplage, équation intégrale, parallélisme, dynamique moléculaire, méthode du continuum .</i></p> <h3>Résumé :</h3> <div class="ABSTRACT"> <i>Nous nous intéressons aux simulations de gros systèmes moléculaires en biologie. Trois axes sont privilégiés : la méthode du continuum pour prendre en compte les effets du solvant autour d'une protéine, les algorithmes en dynamique moléculaire, ainsi que les algorithmes de couplages pour les méthodes hybrides (mécanique quantique, dynamique moléculaire et continuum).</i> </div> <p>Les problèmes qui nous intéressent sont issus des gros systèmes moléculaires (> 50 000 atomes) en biologie comme l'étude des protéines, des membranes, ... dans des solvants ioniques ou non. Ces problèmes sont importants notamment dans le domaine de la santé pour la construction de nouveaux médicaments, pour comprendre des réactions des mécanismes chimiques, ... Un autre problème concerne la détermination par des méthodes de dynamique moléculaire de la structure tri-dimensionnelle d'une protéine (folding).</p> <p>Les problèmes mathématiques issus de ces applications et que nous abordons dans le projet concernent d'une part la justification des algorithmes déjà utilisés et d'autre part le développement de nouveaux algorithmes pour un grand nombre d'atomes, des schémas d'intégration pour des temps longs et la prise en compte des différentes échelles de temps. Le parallélisme est un des outils principaux pour nous permettre d'obtenir des méthodes efficaces.</p> </body>