Environnement coopératif d'aide à l'analyse de séquences génomiques

Le projet Sherpa est à l'origine d'un projet soutenu par le GIP Greg (Groupement de Recherches et d'Études sur les Génomes) et impliquant, outre le projet, la société Ilog et deux laboratoires de biologie :

• le laboratoire de Biométrie, Génétique et Biologie des Populations, équipe ``Biométrie Moléculaire'' de l'université Claude Bernard de Lyon (CNRS URA 243) ;
• l'unité ``Régulation de l'expression génétique'' de l'institut Pasteur à Paris, (CNRS URA 1129).

L'objectif du projet était la réalisation, sur les deux années 1994 et 1995, d'un système coopératif d'aide à l'analyse de séquences, qui permette :

• de mettre en oeuvre aisément des méthodes d'analyse de séquences ;
• d'aider un utilisateur à choisir la ou les méthodes adéquates pour une tâche donnée et à enchaîner des méthodes entre elles dans le cas de tâches plus complexes ;
• de mémoriser, de gérer et de visualiser à la fois les données de l'analyse et les résultats produits par l'application de méthodes ;
• d'étendre le système en intégrant de nouvelles méthodes et leurs modes d'emploi.

Au terme de ces deux années de travail, un environnement complet satisfaisant ces exigences initiales a été réalisé par le projet Sherpa et la société Ilog, et expérimenté sur des bases d'entités, de méthodes et de tâches d'analyse de séquences, construites par les équipes de l'institut Pasteur et de l'université Claude Bernard [11], [25].

Cet environnement constitue ainsi une valorisation concrète des travaux de recherche menés au sein du projet Sherpa depuis une demi-douzaine d'années autour de la modélisation des connaissances méthodologiques à l'aide de tâches et la résolution coopérative de problèmes.