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Dynamique moléculaire

Ces travaux sont menés conjointement avec le Laboratoire de Biologie Moléculaire et Structurale du CEA-Grenoble (Y. Chapron).

La dynamique est une simulation du mouvement des atomes et des molécules par calcul de leurs déplacements. Cette technique est largement utilisée pour simuler les propriétés des solides, des liquides et des gaz. Elle est également employée pour étudier les conformations des macromolécules, et pour la compréhension des mécanismes réactionnels des protéines dans les structures biologiques. Le développement des médicaments de demain sera lié à la compréhension de ces mécanismes.

Les techniques et programmes développés jusqu'à présent permettent d'une part de calculer des dynamiques avec des systèmes de plus de 30000 atomes sur des périodes de plus de 100 pico-secondes et d'autre part de comparer des politiques de placement statique sur des problèmes irréguliers. Les perspectives sont d'utiliser des politiques de répartition dynamique pour améliorer les performances de calcul et de développer des nouvelles techniques d'approximations pour des simulations plus précises.