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Depuis le 1er octobre 1996, Valérie Ménissier-Morain occupe un poste d'ingénieur-expert au projet Cristal, financé par le GIE Dyade. Elle travaille sur la certification des protocoles cryptographiques, qui permettent de garantir l'intégrité et la confidentialité de certaines données transmises sur le réseau Internet. Elle étudie également les modèles de sécurité pour le code mobile (applets Java ou Caml).