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Au niveau national, le projet est associé étroitement et en priorité aux Universités de Paris 6, Paris Dauphine, et à l'Ecole Polytechnique : participation aux formations doctorales, accueil de thésards ou de stagiaires, collaboration de Professeurs de ces Institutions au projet ou réciproquement. Le projet s'est aussi rapproché de l'Université de Versailles Saint-Quentin en participant activement au DEA de Modélisation, Simulation et Applications de la Physique dont le cadre coincide parfaitement avec les nouveaux objectifs du projet.
Au niveau du CNRS, le projet M3N participe à trois groupements de recherche (GdR): couplage d'équations, optimisation, et physique des particules chargées (Sparch).