Projet :
SHERPA
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POWERTASKS et
IMAGENE
Participant : Danielle Ziébelin [correspondant].
L'environnement POWERTASKS a été
construit dans le cadre d'un transfert technologique auprès de la
société Ilog. Cet outil générique de résolution de problèmes a
été conçu autour d'un modèle à objets et tâches issu des
expériences précédentes du projet. Ainsi, deux environnements
précédents avaient permis l'élaboration d'une dizaine de systèmes
dans des domaines aussi variés que l'analyse de données, le
traitement du signal, l'interprétation de courbes en automatique,
la résolution d'équations aux dérivées partielles, le diagnostic
médical et l'analyse de séquences génomiques. Le système
POWERTASKS dispose d'un moteur de
résolution associant à chaque tâche les méthodes possibles et
d'une interface graphique qui permet à l'utilisateur :
- de visualiser toutes les étapes d'une stratégie au cours de
son exécution ;
- de spécifier les paramètres et les choix nécessaires à
cette exécution ;
- de reprendre une exécution à n'importe quel endroit, ce qui
autorise l'utilisateur à émettre, tester et valider plusieurs
hypothèses en parallèle ;
- de modifier une stratégie en modifiant ou en ajoutant des
sous-tâches.
POWERTASKS a été diffusé dans
plusieurs laboratoires de biologie, notamment l'Atelier de
Bio-Informatique (ABI) de l'université Pierre et Marie Curie
(Paris 6) et l'institut Pasteur de Paris. Ces deux équipes ont
ainsi conçu le système IMAGENE, qui
aide un biologiste lors de l'analyse de séquences génomiques.
IMAGENE est en particulier destiné
à l'annotation de génomes bactériens complets. Il permet de
représenter et de gérer de manière uniforme les connaissances
biologiques produites au cours de l'analyse d'un génome (gènes,
signaux de régulation...), ainsi que les connaissances
méthodologiques attachées à cette analyse, à savoir les méthodes
d'analyse proprement dites et les conditions de leurs mises en
oeuvre. En outre, IMAGENE dispose
d'une interface cartographique, le système APIC
développé au sein du projet Sherpa, qui permet d'afficher, sur le
même écran, l'ensemble des résultats produits par une ou
plusieurs méthodes (objets biologiques, courbes de prédiction,
etc.) afin de les comparer.
Le système IMAGENE a été utilisé
pour le projet de séquençage du génome de la bactérie B.
subtilis. Il a en particulier permis d'expérimenter
différentes stratégies de détection des erreurs de séquençage
(erreurs de cadre de lecture), et a ainsi contribué à identifier
les régions contenant de telles erreurs.
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