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Le système Tropes a été complété par une version « serveur de connaissances » ([10], [11] ). Ce serveur permet d'accéder aux objets de la base au travers du Web comme s'il s'agissait de pages HTML. Cependant la puissance du modèle à objets permet de faire des requêtes structurées sur ces objets qui dépassent la recherche usuellement disponible sur un site Web. Un tel serveur de connaissances permet par ailleurs de structurer une base de documents (hypertextuels ou non) autour de la connaissance formalisée dans les objets. Ce travail a été fort utile dans le cadre de la conception de FirstFly, une base de connaissances sur les interactions géniques (cf. 3.7.3 ) puisque les biologistes, qui ne disposaient pas de machines sur lesquelles Tropes est porté, ont pu voir le contenu de leur base de connaissances via le réseau.