previous up next top index
Précédent : Visualisation de séquences génomiques Remonter : Modélisation des connaissances en biologie Suivant : Aide au diagnostic électromyographique


Modélisation des interactions géniques

 

Grâce à une aide obtenue pour 1996 et 1997 dans le cadre de l'appel d'offres des ACC-SV (Actions Concertées et Coordonnées - Sciences du Vivant) du ministère de la recherche, nous avons débuté une nouvelle collaboration avec l'équipe de Bernard Jacq, du laboratoire de génétique et physiologie du développement de Marseille, pour la réalisation d'une base de connaissances sur les interactions géniques dans la phase du développement embryonnaire de la mouche du vinaigre (D. melanogaster ).

La base construite cette année est stable. Outre la description des concepts mis en oeuvre dans l'interaction génique (gène, protéine, motif d'expression, site de fixation...), elle contient la description à un haut niveau d'instances d'interactions. La base est visible au travers d'un client HTTP et bénéficie de divers outils de manipulation : algorithme de parcours des graphes d'interaction, affichage de ces graphes et des motifs d'expression grâce à des « applets » écrites en Java. La fonctionnalité la plus spectaculaire est un algorithme capable de déterminer l'ensemble des segments de la mouche sur laquelle agit un réseau d'interactions différent et de déterminer automatiquement si le réseau est suffisant pour expliquer les observations faites en laboratoire.