Projet : LED

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Recherche d'information en cartographie génomique

Il s'agit ici d'une application émergente, basée sur un dialogue homme-machine finalisé dans un domaine clairement spécifié. Les développements des études sur les génomes (génomique) au cours des 10 dernières années ont conduit à l'accumulation de quantités toujours croissantes de données. La plupart de ces données sont accessibles sous forme structurée dans des bases de données spécialisées. Le biologiste du génome se trouve néanmoins confronté à des problèmes de recherche et de représentation des données sur le génome : accès aux bases de données, extraction de données, analyse de pertinence et de cohérence entre les données, fusion de résultats de recherche à partir de ressources hétérogènes, visualisation, mise-à-jour etc.

Les propositions de l'équipe en terme de dialogue homme-machine et de recherche d'information seront ici mises à profit dans une approche pluri-disciplinaire impliquant notamment M.-D. Devignes et M. Smaïl. L'objectif à atteindre du point de vue de la génomique consiste à permettre à divers types d'utilisateurs biologistes de rechercher pour un gène donné toutes les données de cartographie disponibles le concernant, d'évaluer la pertinence de ces données et de les intégrer sous forme de synthèse.

Du point de vue de l'informatique, un système de recherche d'information, privilégiant une interaction forte avec l'utilisateur, sera implémenté sur la base d'une architecture distribuée permettant de gérer l'accès à un grand nombre de sources hétérogènes de données. Cette problématique n'est pas sans rappeler celle du projet Silfide, puisqu'à cette plateforme sera empruntée la notion de « panier » pour mémoriser, au fur et à mesure des recherches et après une mise en forme et un classement, les résultats de la recherche. La structuration de ce panier impliquera une réflexion sur la représentation des données extraites, de telle sorte que la synthèse des résultats soit facilitée. La possibilité de visualiser les résultats de recherche séparément et/ou de façon intégrée complètera le système. Ce système de dialogue sera conçu sous la forme d'une interface multimodale dont l'élaboration pourra s'inspirer des éléments de la plateforme « Multidial ». Cette interface pourra ensuite donner lieu à plusieurs types d'expérimentation :



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