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Mots clés : Santé, simulation biologique, dynamique, couplage, équation intégrale, parallélisme, dynamique moléculaire, méthode du continuum .
Les problèmes qui nous intéressent sont issus des gros systèmes moléculaires (> 50 000 atomes) en biologie comme l'étude des protéines, des membranes, ... dans des solvants ionique ou non. Ces problèmes sont importants notamment dans le domaine de la santé pour la construction de nouveaux médicaments, pour comprendre des réactions chimiques, ... Un autre problème concerne la détermination par des méthodes de dynamique moléculaire de la structure tri-dimensionnelle d'une protéine (Folding).
Les problèmes mathématiques issues de ces applications et que nous abordons dans le projet concernent d'une part la justification des algorithmes déjà utilisés et d'autre part le développement de nouveaux algorithmes pour un grand nombre d'atomes, des schémas d'intégration pour des temps longs, la prise en compte des différentes échelles de temps. Le parallélisme est un des outils principaux pour nous permettre d'obtenir des méthodes efficaces.