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Section: Dissemination

Teaching - Supervision - Juries

Teaching

  • Licence: C. Belleannée, Langages formels, 22h, L3 informatique, Rennes1, France.

  • Licence: C. Belleannée, Architecture des ordinateurs, 50h, L3 informatique, Rennes1 France.

  • Licence: C. Belleannée, Bases de données, 21h, L3 Miage par alternance, Rennes1 France .

  • Licence: G. Andrieux, TIC : Technologies de l'information et de la communication, 32h, L1, Univ. Rennes 1, France.

  • Licence : G. Garet, Office automation, 20h, L1, Univ. Rennes 1, France.

  • Licence : G. Garet, Functional algorithm, 24h, L1, Univ. Rennes 1, France.

  • Licence : G. Garet, Programming, 22h, L3, Univ. Rennes 1, France.

  • Licence: V. Picard, Scheme 14h, L1, INSA Rennes, France

  • Licence: V. Picard, Architecture et systèmes, 24h, L3, ENS Rennes/Univ. Rennes 1, France

  • Licence: V. Picard, Initiation Unix, 2h, L3, ENS Rennes, France

  • Licence: S. Prigent, learning PHP/SQL, 12h, L3 (3ème année ingénieur), Ensai, Rennes, France

  • Licence: S. Prigent, Database, 42h, L1, Ensai, Rennes, France

  • Licence: S. Prigent, An introduction to R, 9h, L1, Ensai, Rennes, France

  • Master: V. Picard, Préparation à l'agrégation de mathématiques option D: épreuve de modélisation, 12h, L2, ENS Rennes/Univ. Rennes 1, France

  • Master: C. Belleannée, Préférences Logique et contraintes, 32h, M1 informatique, Rennes1 France

  • Master: C. Belleannée, Architecture matérielle et interface au système, 28h, M2 informatique, Rennes1 France

  • Master: F. Coste, Apprentissage Supervisé, 15h, M2 Informatique, Univ. Rennes 1, France

  • Master: F. Coste, Données Séquentielles Symboliques, 10h, M2 Informatique, Univ. Rennes 1, France

  • Doctorat : J. Bourdon, Applications de systèmes dynamiques discrets, 2h, Ecole Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématique, Rennes, France

  • Doctorat : J. Bourdon, Réseaux biologiques semi-quantitatifs : dynamique et propriétés émergentes , 2h, Ecole thématique OSUR sur les systèmes complexes, Rennes, France

  • Doctorat : F. Coste & J. Nicolas, Linguistique des séquences biologiques, 4h, Ecole Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématique, Rennes, France

  • Doctorat: D. Eveillard, Modélisation du temps pour la vérification des systèmes dynamiques, 2h, Ecole Jeunes Chercheurs en informatique mathématique, Rennes, France.

  • Doctorat: D. Eveillard, From Omics data to models, 4h, Ecole Thématique Ecologie et Génomique Environnementale, Aussois, France.

  • Doctorat : A. Siegel, Introduction aux systèmes dynamiques, 2h, Ecole Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématique, Rennes, France

Seminars

  • J. Bourdon , Quelques outils pour étudier la dynamique des réseaux génétiques, 10th days of the GenOuest platform: biological networks, 2012.

  • F. Coste, Characterization of protein families: overpassing HMM expressivity, second meeting Idealg, Rennes sept. 2012

  • D. Eveillard, Temporal and quantitative behaviors of biological systems - Can we learn something by modeling via a systems biology viewpoint ?, séminaire de la station biologique de Roscoff, Roscoff.

  • D. Eveillard, Quantitative modeling of biological systems, Biocore seminar, Inria Sophia-Antipolis.

  • G. Andrieux, Analyzing Large Models of TGFbeta with Cadbiom and the Process Hitting, Ecole Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématique 2012, Rennes.

  • S. Prigent, Methods of metabolic network reconstruction: corresponding contributions, second meeting Idealg, Rennes sept. 2012

  • S. Prigent, Reconstruction de réseaux métaboliques par la programmation logique, Ecole Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématique 2012, Rennes.

  • S. Prigent, Que nous apprend la reconstruction d'un réseau métabolique ?, 10th days of the genouest platform: biological networks, 2012.

  • A. Siegel, A review on Pisot conjecture, coincidence conditions and related graphs, TU Wien, department of mathematics, 2012.

  • A. Siegel, Using contraints programming to investigate the robustness of biological networks reconstruction, University of Chile, 2012.

  • A. Siegel, Quelques approches formelles pour tester la robustesse de processus de reconstruction de réseaux, Séminaire du réseau NetBio, 2012.

  • V. Wucher. Modélisation d’un réseau de régulation d’ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois. Journées "Bioinformatique des ARNnc", Toulouse.

Supervision

  • HdR : Jérémie Bourdon, Sources probabilistes : des séquences aux systèmes, Université de Nantes, 5 décembre 2012 [28] .

  • PhD in progress : Oumarou Abdou-Arbi Analyse Automatisée et générique des réseaux métaboliques en nutrition, started in October 2010, supervised by A. Siegel and T. Tabsoba (Burkina-Faso).

  • PhD in progress : Geoffroy Andrieux, Discrete approach modeling of biological signaling pathway, started in October 2010, supervised by N. Théret (Inserm) and M. Le Borgne

  • PhD in progress : Andres Aravena, Introduire des approches combinatoires dans des modèles probabilistes pour la découverte d'évènements de régulation d'€™un système biologique à partir de données hétérogènes, started in July 2011, supervised by A. Maass (CMM, University of Chile) and A. Siegel.

  • PhD in progress : Gaëlle Garet, Discovery of enzymatic functions in the framework of formal languages, started in October 2011, supervised by J. Nicolas and F. Coste.

  • PhD in progress : Clovis Galiez, Syntactic modelling of protein structure., started in October 2012, supervised by F. Coste.

  • PhD in progress : Vincent Picard, Analyse dynamique d’algorithmes et dynamique symbolique pour l’étude de modèles semi-quantitatifs en biologie des systèmes, started in September 2012, supervised by A. Siegel and J. Bourdon.

  • PhD in progress : Sylvain Prigent, Modélisation par contraintes pour le contrôle génomique et physiologique de l'adaptation des algues brunes à la salinité de l'eau, started in October 2011, supervised by A. Siegel and T. Tonon (UMR 7150, station biologique de Roscoff)

  • PhD in progress : Santiago Videla, Applying logic programming to the construction of robust predictive and multi-scale models of bioleaching bacteria, started in November 2011, supervised by A. Siegel

  • PhD in progress : Valentin Wucher, Modélisation d'un réseau de régulation d'ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois, started in November 2011, supervised by J. Nicolas and D. Tagu (INRA)

Juries

  • Member of habilitation thesis jury. J. Bourdon, Université de Nantes [A. Siegel].

  • Member of Ph-D thesis jury. P. Vanier, Université de Marseille [A. Siegel]. M. Noual, ENS Lyon [A. Siegel]. P. Bordron, Univ. Nantes [D. Eveillard]

  • Referee of Ph-D thesis. S. Thiele, University of Potsdam [A. Siegel]. N. Loira, University of Bordeaux [A. Siegel].