Section: Dissemination

Teaching - Supervision - Juries

Teaching

• Licence: C. Belleannée, Langages formels, 22h, L3 informatique, Rennes1, France.

• Licence: C. Belleannée, Architecture des ordinateurs, 50h, L3 informatique, Rennes1 France.

• Licence: C. Belleannée, Bases de données, 21h, L3 Miage par alternance, Rennes1 France .

• Licence: G. Andrieux, TIC : Technologies de l'information et de la communication, 32h, L1, Univ. Rennes 1, France.

• Licence: O. Dameron, Biostatistiques, 12h, PACES, Univ. Rennes 1, France.

• Licence: O. Dameron, C2i niveau 2, 2.5h, Univ. Rennes 1, France.

• Licence: V. Picard, Scheme 14h, L1, INSA Rennes, France

• Licence: V. Picard, Architecture et systèmes, 24h, L3, ENS Rennes/Univ. Rennes 1, France

• Licence: V. Picard, Initiation Unix, 2h, L3, ENS Rennes, France

• Licence: S. Prigent, learning PHP/SQL, 12h, L3 (3ème année ingénieur), Ensai, Rennes, France

• Licence: S. Prigent, Database, 42h, L1, Ensai, Rennes, France

• Licence: S. Prigent, An introduction to R, 9h, L1, Ensai, Rennes, France

• Licence: V. Wucher, Introduction aux biostatistiques, 8h, L3 biologie, Rennes 1, France

• Master: C. Belleannée, Préférences Logique et contraintes, 32h, M1 informatique, Rennes1 France

• Master: C. Belleannée, Architecture matérielle et interface au système, 28h, M2 informatique, Rennes1 France

• Master: F. Coste, Apprentissage Supervisé, 10h, M2 Informatique, Univ. Rennes 1, France

• Master: F. Coste, Données Séquentielles Symboliques, 10h, M2 Informatique, Univ. Rennes 1, France

• Master: O. Dameron, gestion de projets en informatique, 49h, M1 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, principes de programmation et d'algorithmique, 64h, M1 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, initiation systèmes et réseaux, 4h, M1 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, modélisation des connaissances et bio-ontologies, 36h, M2 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, Bases de mathématiques, probabilités et statistiques, 65h, M1 santé publique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, E-santé et réseaux hospitaliers, 7h, ESIR3, Univ. Rennes 1, France.

• Master: C. Galiez, Compilation, 32h, M1 informatique, Rennes1 France

• Master: G. Collet, Langage C, 8h, M1 Informatique, Univ. Rennes 1, France

• Master: G. Collet, Analyse et Conception Objet, 14h, M1 MIAGE, Univ. Rennes 1, France

• Master: V. Picard, Préparation à l'agrégation de mathématiques option D: épreuve de modélisation, 20h, L2, ENS Rennes/Univ. Rennes 1, France

• Master: V. Picard, Aspects probabilistes en biologie des systèmes, 4h, M2, ENS Rennes/Univ. Rennes 1, France

• Doctorat: A. Siegel, Programmation par ensemble-réponse (ASP) et application à la reconstruction et la correction de réseaux biologiques, 3h, Ecole thématique CNRS, Modélisation Formelle de Réseaux de Régulation Biologique, France

• Doctorat: S. Videla, Answer Set Programming for Systems Biology, 10h, graduate course, Universidad de Chile, Chile.

Seminars

• A. Siegel. Modeling the quantitative behaviors of biological systems. IBISC laboratory. Evry (Jan. 2013).

• A. Siegel. Extracting robust information from the confrontation of knowledge and observations on a biological system. EBI, UK (Feb. 2013).

• S. Videla, Learning Logic Models of Protein Signaling Networks with Answer Set Programming. Brunel Univ (Feb. 2013).

• S. Videla. (Boolean) Logic Models of Signal transduction Networks with Answer Set Programming. Universidad de Chile (Apr. 2013).

• A. Siegel. Extracting robust information from knowledge and observations on a biological system: a formal system framework.. CIBB Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics & PRIB International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics, keynote lecture. (Jun. 2013).

Internships

• Internship, from Jun. until Sep. 2013. Co-supervised by J. Nicolas, G. Garet. Student :Liantsoa Rasata Manantena. Subject: Characterization of enzyme family sequences : sulfatases

• Internship, from Jan. until Jun. 2013. Supervised by C. Belleannée. Student: Aymeric Antoine Lorquin. Subject: Identification in silico du site de fixation de la protéine CELF1, au moyen de pattern matching spécialisé.

• Internship, from Ap. until Jun. 2013. Supervised by O. Dameron. Student: Ayite Kougbeadjo. Subject: Analyse de réactions candidates pour la reconstruction de bases métaboliques basée sur les connaissances symboliques chez Ectocarpus Siliculosus

• Internship, from Apr. until Jun. 2013. Supervised by J. Nicolas and V. Wucher. Student: Lucas Le Lann. Subject: Analyse exploratoire d’un réseau d’interactions par extraction de composants analogues appliqué au puceron du pois..

• Internship, from Apr. until Jun. 2013. Supervised by G. Andrieux. Student: Jean Coquet. Subject: Modélisation du réseau d’activation du TGF-$\beta$

Supervision

• PhD : Oumarou Abdou-Arbi Etude de la variabilité des contributions de nutriments à un réseau métabolique : modélisation, optimisation et application en nutrition, 30 Sept. 2013, supervised by A. Siegel and T. Tabsoba (Burkina-Faso) [11] .

• PhD : Geoffroy Andrieux, Discrete approach modeling of biological signaling pathway, 18 Jul. 2013, supervised by N. Théret (Inserm) and M. Le Borgne [12]

• PhD : Andres Aravena, Probabilistic and constraint based modelling to determine regulation events from heterogeneous biological data, 13 Dec. 2013, supervised by A. Maass (CMM, University of Chile) and A. Siegel [13] .

• PhD : Charles Bettembourg, Modélisation Méthodes sémantiques pour la comparaison inter-espèces de voies métaboliques : application au métabolisme des lipides chez l'humain, la souris et la poule, 16 Dec. 2013, supervised by O. Dameron and C. Diot (Inra) [14] .

• PhD in progress : Aymeric Antoine-Lorquin, Modèles grammaticaux au service de l’identification de marqueurs de régulation génétique dans les séquences biologiques, started in Oct. 2013, supervised by C. Belleannée

• PhD in progress : Gaëlle Garet, Discovery of enzymatic functions in the framework of formal languages, started in Oct. 2011, supervised by J. Nicolas and F. Coste.

• PhD in progress : Clovis Galiez, Syntactic modelling of protein structure., started in Oct. 2012, supervised by F. Coste.

• PhD in progress : Julie Laniau, Méthodes d’optimisation combinatoire pour reconstruire et analyser les systèmes métaboliques de microalgues, started in Oct. 2013, supervised by A. Siegel and D. Eveillard.

• PhD in progress : Vincent Picard, Analyse dynamique d'algorithmes et dynamique symbolique pour l'étude de modèles semi-quantitatifs en biologie des systèmes, started in Sept. 2012, supervised by A. Siegel and J. Bourdon.

• PhD in progress : Sylvain Prigent, Modélisation par contraintes pour le contrôle génomique et physiologique de l'adaptation des algues brunes à la salinité de l'eau, started in Oct. 2011, supervised by A. Siegel and T. Tonon (UMR 7150, station biologique de Roscoff)

• PhD in progress : Santiago Videla, Applying logic programming to the construction of robust predictive and multi-scale models of bioleaching bacteria, started in Nov. 2011, supervised by A. Siegel and T. Schaub (Potsdam univ).

• PhD in progress : Valentin Wucher, Modélisation d'un réseau de régulation d'ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois, started in Nov. 2011, supervised by J. Nicolas and D. Tagu (Inra)

Juries

• Member of Ph-D thesis jury. F. Nguema Ndong, univ. Poitiers [A. Siegel, présidente]. T. Jolivet, Univ. Paris Diderot [A. Siegel].