Section: Dissemination

Teaching - Supervision - Juries

Teaching

• Master : Eric Tannier, Computational Molecular Biology, 30heqTD, M2 ENS Lyon (responsabilité du module)

• Master : Eric Tannier, Mathématiques et Informatique pour le Génome, 24heqTD, M1 INSA Lyon

• Master : Eric Tannier, Mathématiques Discrètes, 8heqTD, M1 INSA Lyon

• Doctorat : Eric Tannier, Comparative Genomics, 4heqTD, Ecole de Printemps d'Informatique Théorique, Oléron

• Licence: Jonathan Rouzaud-Cornabas, Programmation Orienté Objet - C++, 48.5h, L3, INSA de Lyon, France

• Master: Jonathan Rouzaud-Cornabas, Interface Homme-Machine, 42.75h, M1, INSA de Lyon, France

• Master: Jonathan Rouzaud-Cornabas, Systèmes d'Exploitation Avancés, 59.87h, M1, INSA de Lyon, France

• Licence: Christophe Rigotti, Imperative Programming, 39h L1 and 47h L2, Department 1er cycle of INSA-Lyon.

• Licence: Christophe Rigotti, Object-Oriented Programming, 47h, L2, Department 1er cycle of INSA-Lyon.

• Licence: Christophe Rigotti, Computer Simulation, 24h, L2, Department 1er cycle of INSA-Lyon.

• Master: Christophe Rigotti, Data Mining, 25h, M1, Bioinformatics and Modeling Department of INSA-Lyon.

• Licence : Guillaume Beslon, architecture des ordinateurs, 150heqTD, INSA-Lyon

• Master : Guillaume Beslon, informatique bioinspirée, 30heqTD, M2 INSA Lyon et M2 Lyon 1

• Master : Guillaume Beslon, biologie computationnelle, 9heqTD, M2 INSA Lyon

• Licence H. Soula Software Development L3 90h INSA LYON

• Licence H. Soula Linear Algebra L3 45h INSA LYON

• Licence H. Soula Biology Modelling L3 45h INSA LYON

• Master H. Soula Numerical Optimization M1 12h

• Master H. Soula Computational Biology M2 30h

Supervision

• PhD: Jules Lallouette, Modélisation des réponses calciques de réseaux d'astrocytes: relation entre topologie et dynamiques, INSA Lyon, dec 4th 2014, H. Berry

• PhD in progress: Alexandre Foncelle, Modeling the signaling pathway implicated in STDP: the role of endocannabinoid and dopamine signaling, 2014, H. Berry

• PhD in progress: Sergio Peignier, Conception d'algorithmes de fouille de données exploitant des mécanismes inspirés de l'évolution, INSA de Lyon, started in September 2014, Christophe Rigotti and Guillaume Beslon.

• PhD in progress: Alvaro Mateos Gonzalez, Anomalous subdiffusion equations as diffusion limits to integro PDEs with age structure. 2014. co-supervised by H. Berry (30%) with Vincent Calvez (EPI Numed) and Thomas Lepoutre (EPI Dracula).

• PhD in progress: Ilya Prokin, Modeling and simulation of signal transduction in living cells: synaptic plasticity of basal ganglia neurons, 2013, H. Berry

• PhD in progress : Magali Semeria, Modèles d'évolution de relations entre les gènes, 2012, Eric Tannier, Laurent Gueguen

• PhD in progress : Wandrille Duchemin, Phylogénie des dépendances, dépendances des phylogénies, 2014, Eric Tannier, Vincent Daubin

• PhD in progress : Yoann Anselmetti, Evolution de la structure des génomes même mal assemblés, 2014, Eric Tannier, Sèverine Bérard

• PhD in progress : Priscila Biller, Phylogenies of artificial lineages, 2012, Joao Meidanis (1 year internship supervised by Eric Tannier)

• PhD in progress: Arnaud Lefray, Information Flow Protection on Cloud Infrastructure, 2012, INSA CVL et ENS Lyon, Eddy Caron, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Christian Toinard

• PhD in progress : Charles Rocabert, modélisation de l'évolution de l'évolution, 2013, Guillaume Beslon, Carole Knibbe

• PhD in progress : Yoram Vadée-le-Brun, évolution des réseaux de régulation, 2013, Guillaume Beslon, Jonathan Rouzaud-Cornabas

• PhD : Bérénice Batut, Étude de l'évolution réductive des génomes bactériens par expériences d'évolution in silico et analyses bioinformatiques, soutenue le 21 novembre 2014, Guillaume Beslon, Carole Knibbe, Gabriel Marais, Vincent Daubin.

• HdR : Hédi Soula, Signalisation en biologie computationnelle : de la membrane à l'individu, soutenue le 26 mai 2014.

• PhD in progress M. Jacquier 'mathematical model of food intake and leptin resistance' 2012-2015 H. Soula and F. Crauste (Dracula)

Juries

• Guillaume Beslon reviewed the manuscript and participated to the defence committee of the HdR of Philippe Lopez, UPMC.

• Guillaume Beslon reviewed the manuscript and participated to the defence committee of the PhD of Colin Raeside, Université de Grenoble

• Eric Tannier reviewed the manuscript and participated to the defense committee of the Ph-D of Antoine Thomas, Inria Lille.

• H. Berry served in the PhD examination committee of Z. Chaker, “Rôle de la signalisation IGF dans la régulation de l'homéostasie tissulaire durant le vieillissement ”, Univ. Paris Descartes, December 2014 (examiner)

• H. Soula was in the examination committee of J. Lalouette Modélisation des réponses calciques de réseaux d’astrocytes: relation entre topologie et dynamiques, INSA Lyon, dec 4th 2014

• Cacole Knibbe was a member of the recruiting committee of an assistant professor at INSA.