Projet : PRISME

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Algorithmique moléculaire

Mots clés : molécule, chimie, docking .

L'émergence de méthodes algorithmiques en biologie moléculaire remonte sans doute aux années 80, mais le processus s'est accéléré depuis environ cinq ans comme en témoignent l'apparition de journaux et conférences spécifiques, ainsi que la publication d'articles relatifs au sujet dans les forums traditionnels comme le symposium ACM de géométrie algorithmique ou Algorithmica.

L'objectif de ces recherches est de trouver des médicaments plus efficaces, moins nocifs, et plus faciles à extraire ou à synthétiser. L'enjeu est donc considérable et ce d'autant plus que des méthodes telle que la synthèse combinatoire donnent accès à une diversité moléculaire gigantesque.

Parmi les problèmes algorithmiques bien identifiés, figurent l'étude des surfaces moléculaires (figure 5), l'investigation des conformations moléculaires stables, le docking ou étude de la complémentarité ligand-récepteur, ainsi que le clustering de grandes bases de données moléculaires. Dans le cadre d'une collaboration avec Sanofi Recherche, nous avons fait une contribution à ce dernier problème (voir 6.4.2).

  

Figure 5: (a)Modèle moléculaire (b)Surface moléculaire

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