Section: Dissemination

Teaching - Supervision - Juries

Teaching

Several of us are half time teachers, and all their teaching record is not necessarily reported here. Researchers, post-doc and students teaching modules are detailed.

• Licence and Master: Guillaume Beslon, computer achitecture and bioinspired intellignece at the computer science department of INSA Lyon, 192h eq TD

• Licence: Carole Knibbe, "Algorithmique et programmation procédurale", 67 h eqTD, niveau L2 (+ responsabilité de l'UE), Université C. Bernard Lyon 1, France.

• Licence: Carole Knibbe, "Encadrement de stage en informatique ", 3 h eqTD, niveau L3, Université C. Bernard Lyon 1, France.

• Master: Carole Knibbe, "Intelligence artificielle bio-inspirée ", 14 h eqTD, niveau M2R, Université C. Bernard Lyon 1, France.

• Master: Carole Knibbe, "Méthodologie scientifique et préparation à la recherche ", 24 h eqTD (+ responsabilité de l'UE), niveau M2R, Université C. Bernard Lyon 1, France.

• Master: Carole Knibbe, "Modélisation et simulation en biologie et médecine ", 9 h eqTD (+ responsabilité de l'UE), niveau M2R, Université C. Bernard Lyon 1, France.

• Master: Christophe Rigotti, Data Mining, 25 H eqTD, M1, INSA Lyon

• Licence: Christophe Rigotti, Imperative Programming, 44 H eqTD, L1, INSA Lyon

• Licence: Christophe Rigotti, Object-Oriented Programming 42 H eqTD, L2, INSA Lyon

• Licence: Christophe Rigotti, Computer Simulation 71 H eqTD, L2, INSA Lyon

• Licence: Bérénice Batut, Computer Science, 64h eq TD, INSA Lyon

• Licence: Jules Lalouette, Computer Science, 64h eq TD, INSA Lyon

• Licence : Stephan Fischer, "Mathématiques", 74 h eqTD, prépa intégrée première année, INSA de Lyon, France.

• Licence: David P. Parsons, Algorithmique, Programmation Orientée Objet - C++, 19HeqTD, niveau L3, INSA Lyon, France

• Licence: David P. Parsons, Approche Logique de l'Intelligence Artificielle, 57HeqTD, niveau L3, INSA Lyon, France

• Licence: David P. Parsons, Développement d'Applications pour les Systèmes d'Information, 66HeqTD, niveau L3, INSA Lyon, France

• Licence: David P. Parsons, Systèmes d'Exploitation, 38HeqTD, niveau L3, INSA Lyon, France

• Master: Eric Tannier, Discrete Mathematics, 8h, M1 UCBL and M1, INSA Lyon

• Master: Eric Tannier, Mathématiques et Informatique pour le génome, 26h, M1 INSA Lyon

• Master: Eric Tannier, Bioinformatique, 24h, M1 ISBM Monastir, Tunisie

• Master: Eric Tannier, Evolution des systèmes, 2h, M2, Université de Montpellier 2

• Licence: Eric Tannier, Histoire des théories de l'évolution, 2h, L3, ENS Lyon

Supervision

PhD & HdR :

• PhD: Anne-Sophie Coquel, Dynamique de l'agrégation protéique chez la bactérie Escherichia coli, soutenue le 16 Novembre 2012, co-supervisée par H. Berry (Beagle) and A. Lindner (INSERM U1001, Cochin Medical School, Paris), INSA Lyon, ED 512 Informatique

• PhD: Pierre-Nicolas Mougel. Title: Finding homogenous collections of dense subgraphs using constraint-based data mining approaches. Application to the analysis of scientific collaboration networks and protein interaction graphs. INSA Lyon, September 14, 2012. Supervised by C. Rigotti.

• PhD: Bertrand Caré. Title: Modèles individu-centrés de l'impact fonctionnel des hétérogénéités de diffusion et de distribution spatiale des protéines de signalisation cellulaire. INSA Lyon, November 26, 2012. Co-supervised by H. Soula and C. Rigotti.

• PhD : David P. Parsons, "Sélection Indirecte en Évolution Darwinienne, Mécanismes et Implications", INSA de Lyon, December 8, 2011, co-supervised by Guillaume Beslon and Carole Knibbe

• PhD in progress : Stephan Fischer, "Modélisation mathématique des phénomènes de s sélection indirecte dans l’évolution darwinienne", started in sept. 2010, co-supervised by Guillaume Beslon and Carole Knibbe, with the help of Samuel Bernard (Inria Dracula team)

• PhD in progress : Bérénice Batut, "Etude de l’évolution réductive des génomes bactériens par analyses bioinformatiques et expériences d’évolution in silico", co-supervised by Guillaume Beslon and Gabriel Marais (LBBE), with the help of Carole Knibbe

• PhD in progress: Jules Lallouette, Transport dans les réseaux complexes : le cas des réseaux mixtes neurones/cellules gliales, September 2011, supervised by Hugues Berry

• PhD in progress: Magali Semeria, Biologie évolutive des systèmes, encadrée par E. Tannier et L. Gueguen (LBBE)

• PhD in progress: Gael Kaneko, "modeling of the effect of chromatin dynamic on the stochasticity of gene expression", April 2009. Supervisors: Guillaume Beslon and Olivier Gandrillon (CGPhyMC, UMR CNRS 5534).

Juries

• G Beslon participated to the PhD jury of Linda Dib (Université Pierre et Marie Curie), "Détection des mutations simultanées dans les séquences protéiques non-divergentes". March 26 2012.

• G Beslon participated to the PhD jury of Hervé Le Nagard (Université Pierre et Marie Curie), Etude de l'émergence et de l'impact de la complexité phénotypique au travers de modèles théoriques et computationnels. December 15 2011

• E Tannier is invited to the HDR jury of N Thierry-Mieg, "smart pooling and interactomes", Grenoble, 2013

• E Tannier is invited to the Ph-D jury of G. Drillon, 2013 (reviewer)

• E Tannier participated to the Ph-D jury of C. Berthelot, ENS Paris, 2012

• H Berry participated to the Ph-D jury of Mathieu Lefort, “Apprentissage spatial de correlations multimodales par des mecanismes d'inspiration corticale”, Nancy, July 04, 2012 (reviewer)

• H Berry participated to the Ph-D jury of Guillaume Core, “Heterogeneite phenotypique dans les populations d'origine clonale: origine et consequences”, Paris, June 27, 2012 (reviewer)

• H Berry participated to the Ph-D jury of Hana Belmabrouk, “Modelisation et simulation du complexe macroglomerulaire des papillons de nuit”, Nancy, May 15, 2012 (reviewer)

International Invited talks

• H Berry, "The remarkable effect of topology on calcium wave propagation in astrocyte networks", Workshop on the organization of excitable dynamics in hierarchical neural networks, 23-25 mai 2012, Bremen, Germany

• G Beslon, "Experimental approaches in ecology and evolution within yeast", EMBL Heidelberg, nov 2012