Section: Dissemination

Teaching - Supervision - Juries

Course and track responsibilities

F. Coste is coordinator of the track "From Data to Knowledge: Machine Learning, Modeling and Indexing Multimedia Contents and Symbolic Data" of the Master by research in Computer Science (2nd year), University of Rennes 1, France.

F. Coste is coordinator of the course “Extracting knowledge from symbolic data sequences” of the Master by research in Computer Science (2nd year), University of Rennes 1, France.

Teaching

• Licence: C. Belleannée, Langages formels, 22h, L3 informatique, Rennes1, France.

• Licence: C. Belleannée, bureautique et C2i, 40h, L1 informatique, Rennes1, France.

• Licence: G. Garet, Algorithmique, 22h, L3 informatique, Rennes1 France.

• Licence: G. Garet, Analyse de données, 12h, L3 Miage, Rennes1 France.

• Licence: O. Dameron, Biostatistiques, 12h, PACES, Univ. Rennes 1, France.

• Licence: O. Dameron, C2i niveau 2, 2.5h, Univ. Rennes 1, France.

• Licence: V. Picard, Probability theory, 24h, L3, ENS Rennes, France

• Licence: C. Galiez, Bureautique, 16h, L1 informatique, Rennes1 France

• Master: C. Bettembourg, principes de programmation et d'algorithmique, 18h, M1 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: C. Belleannée, Préférences Logique et contraintes, 32h, M1 informatique, Rennes1 France

• Master: G. Collet, Programmation Python, 20h, M1 BioInformatique, Univ. Rennes 1, France

• Master: O. Dameron, gestion de projets en informatique, 29.5h, M1 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, principes de programmation et d'algorithmique, 12.5h, M1 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, initiation systèmes et réseaux, 4h, M1 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, techniques de recherche documentaire, 2h, M1 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, Bases de mathématiques, probabilités et statistiques, 3h, M1 santé publique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: C. Galiez, Compilation, 48h, M1 informatique, Rennes1 France

• Master: V. Picard, Formal methods for safe development, 16h, M1, Univ. Rennes 1, France

• Master: V. Picard, Agrégation de mathématiques option D, 15h, M1, ENS Rennes/Univ. Rennes 1, France

• Master: F. Coste, Apprentissage Supervisé, 10h, M2 Informatique, Univ. Rennes 1, France

• Master: F. Coste, Données Séquentielles Symboliques, 10h, M2 Informatique, Univ. Rennes 1, France

• Master: O. Dameron, modélisation des connaissances et bio-ontologies, 36h, M2 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, organisation des oraux de stages, 8h, M2 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, E-santé et réseaux hospitaliers, 8h, ESIR3, Univ. Rennes 1, France.

• Master: A. Siegel, Integrative and Systems biology, 20h, M2, Univ. Rennes 1, France

• Doctorat: A. Siegel, Tilings and Symbolic Dynamics, 8h, School "Representing streams II" at Lorentz center, Leiden, Netherlands.

• Doctorat: J. Nicolas, Answer Set programming, 6h, Ecole Doctorale Matisse, Univ. Rennes 1, France

Supervision

• PhD : Gaëlle Garet, Discovery of enzymatic functions in the framework of formal languages, 16 Dec. 2014,, supervised by J. Nicolas and F. Coste. [10] .

• PhD : Sylvain Prigent, Complétion combinatoire pour la reconstruction de réseaux métaboliques, et application au modèle des algues brunes Ectocarpus siliculosus, 14 Nov. 2014, supervised by A. Siegel and T. Tonon (UMR 7150, station biologique de Roscoff) [11]

• PhD : Santiago Videla, Reasoning on the response of logical signaling networks with answer set programming, 7 Jul. 2014, supervised by A. Siegel and T. Schaub (Potsdam univ) [12] .

• PhD : Valentin Wucher, Modeling of a gene network between mRNAs and miRNAs to predict gene functions involved in phenotypic plasticity in the pea aphid, 3 Nov. 2014, supervised by J. Nicolas and D. Tagu (Inra).[13]

• PhD in progress : Aymeric Antoine-Lorquin, Modèles grammaticaux au service de l’identification de marqueurs de régulation génétique dans les séquences biologiques, started in Oct. 2013, supervised by C. Belleannée

• PhD in progress : Clovis Galiez, Syntactic modelling of protein structure., started in Oct. 2012, supervised by F. Coste and J. Nicolas.

• PhD in progress : Julie Laniau, Méthodes d’optimisation combinatoire pour reconstruire et analyser les systèmes métaboliques de microalgues, started in Oct. 2013, supervised by A. Siegel and D. Eveillard.

• PhD in progress : Vincent Picard, Analyse dynamique d'algorithmes et dynamique symbolique pour l'étude de modèles semi-quantitatifs en biologie des systèmes, started in Sept. 2012, supervised by A. Siegel and J. Bourdon.

• PhD in progress : Jean Coquet, Semantic-based reasoning for biological pathways analysis, started in Oct. 2014, supervised by O. Dameron, N. Théret and J. Nicolas.

• PhD in progress : Victorien Delannée, Optimisation à différentes échelles pour étudier la variabilité de la toxicité de contaminants alimentaires, started in Oct. 2014, supervised by A. Siegel and N. Théret.

Juries

• Member of Ph-D thesis jury. M. Folschette, Ecole Centrale Nantes [A. Siegel, rapporteure]. B. Le Gloannec, Univ. Orléans [A. Siegel, présidente]. J. Scicluna, Université de Nantes [F. Coste].

Seminars

• V. Picard. Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: limit theorem and applications. I3S MDSC Seminar. Sophia Antipolis, France (May. 2014)

• A. Siegel. modelling and integrating heterogeneous information about the response of a biological system with ASP. LRI, Orsay, France (Jun. 2014)

• A. Siegel. AuReMe Integrative method for Automatic Reconstruction of Metabolic network. LINA, Nante, France (Jul. 2014)

• A. Siegel. Modéliser et intégrer des informations hétérogènes sur la réponse d'un système biologique. Séminaire interdisciplinaire MEB, Marseille, France (Oct. 2014)

• G. Collet. Genome Assembly on a Raspberry Pi. fOSSa 2014 (Nov. 2014)

• A. Siegel. Méthodes de programmation logique (ASP) pour apprendre et contrôler la réponse de réseaux de signalisation. Workshop "Théorie des réseaux booléens et ses applications en biologie", Nice, France (Nov. 2014)

• A. Siegel. Reconstruire un réseau métabolique à partir de différentes sources d'informations et données. Journée scientifique BioGenOuest - Axe Analyse structurale et métabolomique, Nantes, France (Dec. 2014)

• A. Siegel. Modéliser et intégrer des informations hétérogènes à large-échelle sur la réponse d'un système biologique. Journées biologie intégrative, Lille, France (Dec. 2014)

• O. Dameron OWL model of eligibility criteria compatible with partially-known information. Institut des Systèmes Complexes, Paris, France (Dec. 2014)

• V. Picard. Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: limit theorem and applications. LIFL Biocomputing Seminar. Lille Univ, France (Dec. 2014)

• O. Dameron Knowledge-based selection of candidate metabolic networks. Séminaire Biosticker, LINA Nantes France (Dec. 2014)

Internships

• Internship, from April until June 2014. Supervised by G. Collet. Student: Efflam Lemaillet. Subject: Méthode de comparaison de protéines sans alignement.

• Internship, from April until June 2014. Supervised by F. Coste. Student: Francisco Dorr. Subject: Compressing (genomic) sequences by grammar inference.

• Internship, from April until June 2014. Supervised by O. Dameron and N. Theret. Student: DominiqueMias-Lucquin. Subject: Analysis of TGF-$\beta$ signalling network trajectories

• Internship, from April until June 2014. Supervised by O. Dameron and G. Collet. Student: LoïcBourgeois. Subject: Metabolic pathway representation in RDF : converting Reactome into BioPAX

• Internship, from Feb. until June 2014. Supervised by J. Nicolas. Student: Hugo Bazille. Subject: Protein design: a NP-hard problem in bioinformatics

• Internship, from March until Sep. 2014. Supervised by C. Belleannée. Student: Malo Le Boulch. Subject:

• Internship, from March until June 2014. Supervised by C. Belleannée. Student: Lea Flechon. Subject: Identification in silico du site de fixation à l'ARNm de la protéine PTBP1 : découverte de motifs par utilisation d'un outil existant via des données CLIP-seq publiques

• Internship, from April until June 2014. Supervised by V. Picard and A. Siegel. Student: Thibault Etienne. Subject: Simulation stochastique quantitative pour la modélisation de systèmes écologiques

• Internship, from January until June 2014. Supervised by A. Siegel and N. Theret. Student: Victorien Delannée. Subject: Modélisation du métabolismes des xénobiotiques de type amines hétérocycliques aromatique (AHA)

• Internship, October 2014. Supervised by F. Coste. Ph D. student: Meriem Zekri. Subject: Modelling GPCR proteins with Protomata-Learner