Section: Dissemination

Teaching - Supervision - Committees

Teaching

Four members of the IBIS team are either full professor, associate professor or assistant professor at the Université Grenoble Alpes. They therefore have a full teaching service (at least 192 hours per year) and administrative duties related to the organization and evaluation of the university course programs on all levels (from BSc to PhD). Besides the full-time academic staff in IBIS, the following people have contributed to courses last year.

Eugenio Cinquemani

• Master: Identification of dynamical models of genetic networks, M2, BIM, INSA de Lyon (4 h)

• Master: Statistics for biologists, M1, Master Approches Interdisciplinaires du Vivant, CRI/Université Paris Descartes (24 h)

• Master: Modelling and identification of metabolic networks, M1, Phelma, INP Grenoble (4 h)

Hidde de Jong

• Master: Modeling and simulation of gene regulatory networks, M2, BIM, INSA de Lyon (20 h)

• Master: Integrated models of the cell: metabolism, gene expression, signalling, with Nils Giordano, M2, ENS Paris (8 h)

Nils Giordano

• Master: Integrated models of the cell: metabolism, gene expression, signalling, with Hidde de Jong, M2, ENS Paris (8 h)

• Master: Génétique des populations et biologie de la conservation, M1, Université Grenoble Alpes (6 h)

• Bachelor: La bio-informatique : de l'analyse du génome à la modélisation, L2, Université Grenoble Alpes (24 h)

• Bachelor: Génétique prokaryote, L2, Université Grenoble Alpes (40 h)

• Bachelor: Génétique des populations, L2-L3, Université Grenoble Alpes (27 h)

Delphine Ropers

• Master: Modelling in systems biology, M1, Phelma, INP Grenoble (16 h)

• Master: Modeling and simulation of genetic regulatory networks, M1, Université Grenoble Alpes (7.5 h)

• Master: Modeling and simulation of genetic regulatory networks, M2, INSA de Toulouse (5 h)

François Rechenmann

• E-learning: MOOC Bioinformatics: Genomes and Algorithms (http://www.inria.fr/actualite/actualites-inria/mooc-bioinformatique-genomes-et-algorithmes )

Supervision

• PhD: Manon Morin, Rôle du régulateur post-transcriptionnel CSR dans l’adaptation métabolique de la bactérie modèle Escherichia coli, November 2015. Supervisors: Muriel Cocaign-Bousquet (INRA) and Delphine Ropers

• PhD: Stéphane Pinhal, Adaptation d’E. coli à la croissance sur acétate : une approche pluridisciplinaire, Université Grenoble Alpes, March 2015. Supervisors: Johannes Geiselmann, Delphine Ropers, and Hidde de Jong

• PhD: Valentin Zulkower, Etude de la dynamique des mécanismes de la répression catabolique : des modèles mathématiques aux données expérimentales, Université Grenoble Alpes, March 2015. Supervisors: Hidde de Jong, Johannes Geiselmann, and Delphine Ropers

• PhD in progress: Stefano Casagranda, Analysis and control of cell growth models. Supervisors: Jean-Luc Gouzé (BIOCORE) and Delphine Ropers

• PhD in progress: Nils Giordano, Régulation de la croissance chez Escherichia coli : étude théorique et expérimentale à l'aide de modèles coûts-bénéfices. Supervisors: Hidde de Jong and Johannes Geiselmann

• PhD in progress: Bernard Chielli Ponce de Leon, Stochasticity of gene expression in strains of E. coli with a controlled growth rate and number of chromosomes. Supervisors: Irina Mihalcescu (Université Grenoble Alpes) and Johannes Geiselmann

PhD thesis committees, PhD advisory committees, and habilitation committees

PhD thesis committees

Table 21.

IBIS member	Role	PhD student	University	Date
Johannes Geiselmann	Membre	Stéphane Pinhal	Université Grenoble Alpes	March 2015
Johannes Geiselmann	Membre	Valentin Zulkower	Université Grenoble Alpes	March 2015
Johannes Geiselmann	Rapporteur	Marie Carquet	Université Paul Sabatier, Toulouse	March 2015
Johannes Geiselmann	Membre	Marie-Cecilia Duvernoy	Université Grenoble Alpes	November 2015
Johannes Geiselmann	Membre	Christopher Swale	Université Paul Grenoble Alpes	November 2015
Johannes Geiselmann	Rapporteur	Aleksandra Delplanque	Université Paris-Saclay	December 2015
Hidde de Jong	Rapporteur	Thomas Todd	University of Bristol, UK	February 2015
Hidde de Jong	Rapporteur	Thomas Duigou	Université Paris Sud	May 2015
Hidde de Jong	Rapporteur	Abhishekh Gupta	Tampere University of Technology, Finland	June 2015
Hidde de Jong	Président	Adrien Richard	Université Paris Descartes	December 2015
Hidde de Jong	Invité	Stéphane Pinhal	Université Grenoble Alpes	March 2015
Hidde de Jong	Membre	Valentin Zulkower	Université Grenoble Alpes	March 2015
Stéphan Lacour	Examinateur	Xuejiao Jiang	INSA de Lyon	September 2015
Delphine Ropers	Membre	Stéphane Pinhal	Université Grenoble Alpes	March 2015
Delphine Ropers	Membre	Valentin Zulkower	Université Grenoble Alpes	March 2015
Delphine Ropers	Examinateur	Ismail Belgacem	Université de Nice-Sophia Antipolis	March 2015
Delphine Ropers	Membre	Manon Morin	Université de Toulouse	November 2015

habilitation (HDR) committees

Table 22.

IBIS member	Role	PhD student	University	Date
Johannes Geiselmann	Membre	Gilles Curien	Université Grenoble Alpes	February 2015

PhD advisory committees

Table 23.

IBIS member	PhD student	University
Eugenio Cinquemani	Artemis Llamosi	Université Paris Descartes
Johannes Geiselmann	Jean-Baptiste Lugagne	Université Paris Descartes
Stéphan Lacour	Alexandre Duprey	INSA de Lyon
Delphine Ropers	Alice Julien-Laferrière	Université de Lyon
Delphine Ropers	Martin Wannagat	Université de Lyon

Teaching adminstration

Yves Markowicz is director of the BSc department at Université Joseph Fourier.

Michel Page is coordinator of the master Systèmes d'information et d'organisation at the Institut d'Adminstration des Entreprises (IAE), Université Grenoble Alpes.

Delphine Ropers organizes a module on the mathematical modeling of biological systems at PHELMA, INP Grenoble.

Hidde de Jong organizes with Daniel Kahn a module on the modeling of genetic and metabolic networks at INSA de Lyon.