Section: Dissemination

Teaching - Supervision - Juries

Teaching track responsibilities

• Coordination of the doctoral school "Life, Agronomy and Health" of University of Rennes 1 [N. Théret]

• Coordination of the master degree "Bioinformatics and genomics", Univ. Rennes1 [O. Dameron]

• Coordination of the track "From Data to Knowledge: Machine Learning, Modeling and Indexing Multimedia Contents and Symbolic Data", Master in Computer Science, University of Rennes 1, France [F. Coste].

Course responsibilities

• "Bioinformatique expérimentale", Master 1 in computer science, Univ. Rennes1 & ENS [O. Dameron]

• "Bases de mathématiques et probablité" and "Méthodes en informatique", Master1 in public health, Univ. Rennes 1 [O. Dameron]

• "Représentation des connaissances biomédicales", Master 2 in public health, Univ. Rennes 1 [O. Dameron]

• "Principes de programmation et d'algorithmique", Master 1 in bioinformatics, Univ. Rennes 1 [O. Dameron]

• "Gestion de projets informatiques", Master 1 in bioinformatics, Univ. Rennes 1 [O. Dameron]

• "Standardisation des connaissances et bio-ontologies", Master 2 in bioinformatics, Univ. Rennes 1 [O. Dameron]

• "e-Santé et réseaux hospitaliers", last year in engineering school ESIR, Univ. Rennes 1, [O. Dameron]

• "Equilibre Dynamique de la communication Cellulaire" Master 2 in Sciences cellulaire et Moléculaire du Vivant, Univ. Rennes 1 [N. Theret]

Teaching

• Licence: C. Belleannée, Langages formels, 22h, L3 informatique, Univ. Rennes1, France.

• Licence: C. Belleannée, Traitement de textes et données tabulées, 40h, L1 informatique, Univ. Rennes1, France.

• Licence: C. Belleannée, Algorithmique et Programmation Fonctionnelle, 60, L1 informatique, Univ. Rennes1, France.

• Licence: J. Coquet, Algorithmique et Programmation Fonctionnelle, 40h, L1 informatique, Rennes1, France.

• Licence: O. Dameron, Biostatistiques, 12h, PACES, Univ. Rennes 1, France.

• Licence: V. Delannée, Bureautique, 36h, DFGSP2, Univ. Rennes 1, France.

• Licence: C. Frioux, Bureautique, 12h, L1 informatique, Rennes1, France.

• Master: C. Belleannée, Algorithmique du texte et bioinformatique, 10h, M1 informatique, Univ. Rennes1, France

• Master: C. Belleannée, Préférences, Logique et Contraintes, 40h M1 informatique,Univ. Rennes1, France

• Master: F. Coste, Apprentissage Supervisé, 10h, M2 Informatique, Univ. Rennes 1, France

• Master: F. Coste, Données Séquentielles Symboliques, 10h, M2 Informatique, Univ. Rennes 1, France

• Master: O. Dameron, Bases de mathématiques et probablité, 30h, Master1 in public health, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, Méthodes en informatique, 50h, Master1 in public health, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, Bioinformatique expérimentale, 10h, M1 informatique, Univ. Rennes 1 and ENS Rennes, France.

• Master: O. Dameron, Principes de programmation et algorithmique, 50h, M1 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, Gestion de projets informatiques, 23h, M1 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, Standardisation des connaissances et bio-ontologies, 24h, M2 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: O. Dameron, Représentation des connaissances biomédicales, 20h, M2 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: A. Siegel, Integrative and Systems biology, 20h, M2, Univ. Rennes 1, France

• Master: N. Théret, Extracellular matrix remodeling and Signaling, 3H, Univ. Rennes 1, France

• Master: N. Théret, Extracellular matrix remodeling and Signaling, 3H, Univ. Cergy Pontoise, France

• Doctorat: A. Siegel, Modelling the integration of heterogeneous knowledge with Answer Set Programming, 4h, Ecole de printemps, Porquerolles, France

Supervision

• HDR: Olivier Dameron Ontology-based methods for analyzing life science data  [12]

• PhD : Aymeric Antoine-Lorquin, TITRE, started in Oct. 2013, supervised by C. Belleannée, defended on the 1st of December 2016 [11]

• PhD in progress : Lucas Bourneuf, Justifiable graph decomposition to assist biological network understanding, started in Oct. 2016, supervised by J. Nicolas.

• PhD in progress : Jean Coquet, Semantic-based reasoning for biological pathways analysis, started in Oct. 2014, supervised by O. Dameron and N. Théret.

• PhD in progress : Victorien Delannée, Optimisation à différentes échelles pour étudier la variabilité de la toxicité de contaminants alimentaires, started in Oct. 2014, supervised by A. Siegel and N. Théret.

• PhD in progress : Clémence Frioux, Using preferences in Answer Set Programming to decipher interactions within the species of an ecosystem at the genomic scale, started in Oct. 2015, supervised by A. Siegel.

• PhD in progress : Julie Laniau, Méthodes d'optimisation combinatoire pour reconstruire et analyser les systèmes métaboliques de microalgues, started in Oct. 2013, supervised by A. Siegel and D. Eveillard.

• PhD in progress : Yann Rivault, Analyse de parcours de soins à  partir de bases de données médico-administratives en utilisant des outils du Web Sémantique : identification de complications et de leurs déterminants suite à  la pose chirurgicale de dispositif médical implantable en ambulatoire , started in Oct. 2015, supervised by O. Dameron and N. Lemeur.

Juries

• Member of Ph-D thesis juries. M. Morterol, Univ. Paris Sud [A. Siegel, reviewer]. A. Rougny, Univ. Paris Sud [A. Siegel, reviewer]. P. Traynard, ENS Paris [A. Siegel, jury member]. A Lamora, Univ. Nantes [N. Théret, reviewer]. L. Alcaraz, Univ. Lyon [N. Théret, reviewer], F Courivaud, UMPC [N. Théret, reviewer]. P Hascoet, Univ. Rennes1 [N. Théret, president]

• Member of habilitation thesis juries. O. Dameron, Univ. Rennes 1 [A. Siegel, jury member], A. Chateau, Univ. Montpellier [A. Siegel, reviewer]. M. Elati, Univ. Evry [A. Siegel, reviewer]. L. Levy, Univ Paris-Diderot [N. Théret, reviewer]. C. Le Goff, Univ Paris Descartes [N. Théret, reviewer].

• Member of medical thesis jury. P. Hamon, Rennes [O. Dameron, jury member].

Internships

• Internship, from Jan until Jun 2016. Supervised by A. Siegel. Student: Mael Conan. Subject: Reconstruction of the metabolic map of E. Synecchococcus.

• Internship, from Jan until Jun 2016. Supervised by M. Chevallier and A. Siegel. Student: Pierre Vignet. Subject: Development of a web interface for the aided-curation of metabolic network identifiers.

• Internship, from Jun until Jul 2016. Supervised by O. Dameron and A. Siegel. Student: David Saulpic. Subject: Using formal concept analysis to classify the attractors of perturbated boolean networks.

• Internship, from Jan. until Jun 2016. Supervised by J. Nicolas. Student: Lucas Bourneuf. Subject: Model reduction with power graph algorithms.

• Internship, from Feb. until Jun 2016. Supervised by F. Coste. Student: Mikael Demirdelen. Subject: Fast parser for biological sequences and a new algorithm for the inference of substitutable languages.

• Internship, from Jun until Jul 2016. Supervised by O. Dameron. Student: Arnaud Belcour. Subject: Intégration de données biologiques en RDF pour l'analyse de réseaux de régulation.

• Internship, from Jun until Jul 2016. Supervised by O. Dameron. Student: Mael Kerbiriou. Subject: Création et analyse d'un réseau de régulation génique en RDF : application au puceron.

• Internship, from Jun until Jul 2016. Supervised by A. Evrard. Student: Xavier Garnier. Subject: Mise à  jour et développement d'AskOmics, outil d'intégration et d'interrogation de données biologiques.

• Internship, from Jan. until Jun. 2016. Supervised by C. Belleannée. Student: Nathan Alary. Subject: Données génomiques et données ChIP-Seq au service de la prédiction de sites de fixation d'un facteur de transcription. Application au facteur LXRalpha.

• Internship, from Mar until Aug 2016. Supervised by J. Got. Student: Sanae El Mhijar, Subject: Analyse et vérifications du réseau métabolique de Tisochrysis lutea.

• Internship, from May until Jul 2016. Supervised by F. Coste. Student: RemySun, Subject: Learning Deep Latent Features of Proteins.

• Internship, from Jun. until Jul. 2016. Supervised by F. Morreews. Student: Vivien Le Breton Subject: RDF et SPARQL pour l'integration de réseaux métaboliques et génétiques de référence.

• Internship, from Jan. until Jun. 2016. Supervised by J. Nicolas. Student: Guillaume Lebreton Subject: Metabolic pathway reconstruction on metagenomes, application to the development of a bacterial consortium for fermented products.

• Internship, from Apr. until Jun. 2016. Supervised by J. Nicolas. Student: Marie Salmon Subject: Analyse par concepts formels de données génomiques sur le mélanome du chien.